Dec 27 14:25:51 ns named[499]: listening on IPv4 interface tun0, ほげほげ自IPアドレス #53 Dec 27 14:25:51 ns named[499]: could not listen on UDP socket: permission denied Dec 27 14:25:51 ns named[499]: creating IPv4 interface tun0 failed; interface ignored
というようなログが１時間毎に残ります。どういうことかとぐぐってみたらこの情報を発見。optionsセクションにinterface-interval 0;を追記することでデフォルトの６０分を無限（無効）にするということらしい。
でもここの情報によると、
listen-on { ほげほげ自IPアドレス; 127.0.0.1; };
で解決しそうな気がする。ちょっと試してみたらOKそう。エラーが出なくなりました。